Põhja Jaapanis töötav kaevandusettevõte häirib maa alla mattunud maagiliste hüljeste asurkonda põhjustades tohutu kolme peaga koletise Death Ghidora vabastamise, kes oli varem kogu Marsi elu hävitanud ja põhjustanud dinosauruste väljasuremise Maal. Kui surnud Ghidora hakkab ellu ärkama on Mothra ainus kes võib planeedi hävingust päästa.