Seiei akadeemia uus üliõpilane Kaidou Eiri on tegelikult agent, kes töötab salajases terrorismivastases valitsusasutuses, mida tuntakse koodnime "Sakura" all. Tema eesmärk on koolis saada tuttavaks Shimada Fumikazulaga va oma klassi poisiga, kelle vanem vend on saripommiplahvatuste peamine kahtlusalune. Ta uurib asja oma "Messia" ja partneri Mitsumi Haku abiga.